Исследователи Пенна освещают «темную сторону» транскриптома
Добавить в закладки
Статьи

Исследователи Пенна освещают «темную сторону» транскриптома

Исследователи из Медицинской школы Перельмана при Пенсильванском университете разработали новый способ картирования «транскриптома» — набора считываний РНК, которые выражаются активными генами клетки . РНК является как молекулярным мостом между ДНК и производством белков, которые выполняют функции жизни, так и молекулярным набором инструментов, который в совокупности помогает этим белкам выполнять свою работу. Таким образом, РНК существует в различных формах, каждая из которых имеет определенную роль и цель, не все из которых полностью изучены.

Новый метод обнаружения, количественной оценки и визуализации сплайсинга РНК помогает пролить свет на «темную сторону» транскриптома: сложные варианты сплайсинга, которые, как известно, существуют, но еще недостаточно изучены.

Предоставлено: иллюстрация, созданная Мэтью Газзара в лаборатории Бараша медицинской школы Перельмана Пенсильванского университета.

Ссылки по теме
Медицинский факультет Перельмана при Пенсильванском университете

Система здравоохранения Пенсильванского университета

Используя новый метод, чтобы пролить дополнительный свет на роль РНК в клетках, команда определила варианты РНК у млекопитающих, которые были в значительной степени невидимы для предыдущих методов. Исследователи также продемонстрировали, что эти «темные» вариации РНК поразительно распространены в клетках млекопитающих и, вероятно, играют роль в регуляции генов в тканях, развитии и в заболеваниях человека. Команда планирует провести анализ с помощью теперь уже бесплатного программного обеспечения для исследования аберрантных клеток при нейродегенеративных расстройствах, раке и других заболеваниях.

«Это очень интересно для нас и, я думаю, для исследовательского сообщества в целом, среди прочего, потому что теперь мы можем вернуться к огромному количеству существующих данных транскриптомов, зная, что появятся новые и важные вещи», — сказал старший автор Йозеф Бараш, кандидат медицинских наук , доцент кафедры генетики. Бараш также является старшим научным сотрудником Пенсильванского института биомедицинской информатики.

Отчет Бараша и его команды, в которую вошли со-ведущие авторы Хорхе Вакеро-Гарсиа , Алехандро Баррера и Мэтью Р. Газзара , все исследователи из Пенсильвании, был опубликован в Интернете в eLife на этой неделе .

Неполное изображение
Лаборатория Бараша была посвящена в основном изучению транскриптов РНК и их вариаций с помощью машинного обучения и компьютерного моделирования. Один из основных механизмов вариации, называемый альтернативным сплайсингом , известен ученым с 1970-х годов. Когда ген, кодирующий белок, впервые транскрибируется в РНК, клеточный аппарат разрезает свежий транскрипт РНК на сегменты. Затем он отбрасывает непротеин-кодирующие сегменты (интроны) и снова сплайсирует белок-кодирующие сегменты (экзоны) в готовый транскрипт матричной РНК, которая позже транслируется в белок.

Иногда, в зависимости от обстоятельств в клетке, механизм сплайсинга намеренно пропускает сплайсинг в одном или нескольких экзонах, в результате чего получается более короткий транскрипт информационной РНК, который, в свою очередь, кодирует другую форму белка. Таким образом, один ген может кодировать несколько форм одного и того же белка, каждая из которых имеет свою особую биологическую роль, например, работая только в одном наборе типов клеток или только во время развития плода. Известно, что паттерны сращивания, отклоняющиеся от нормы, способствуют возникновению многих заболеваний.




Добавить в избранное Версия для печати
Поделитесь:
Автор: admin
Опубликовано: 28.01.2021

Adblock
detector
  X