Команда Пенна составляет первый всеобъемлющий профиль небелковых РНК, чтобы предоставить клиницистам новый способ диагностики множества раковых заболеваний
Добавить в закладки
Статьи

Команда Пенна составляет первый всеобъемлющий профиль небелковых РНК, чтобы предоставить клиницистам новый способ диагностики множества раковых заболеваний

Растущее понимание важной, но малоизученной части генома — «темной материи ДНК» — коренным образом изменило подход ученых к изучению болезней. Геном человека содержит около 20 000 генов, кодирующих белок — менее 2 процентов от общего числа, — но 70 процентов генома превращено в некодирующую РНК. Тем не менее, систематическая характеристика этих сегментов, называемых длинными некодирующими РНК (днРНК), и их изменений при раке человека все еще отсутствует. Большинство исследований геномных изменений при раке сосредоточено на крохотной части человеческого генома, кодирующей белок.

Ссылки по теме
Медицинский факультет Перельмана при Пенсильванском университете

Система здравоохранения Пенсильванского университета

Международная группа ученых, возглавляемая исследователями из Медицинской школы Перельмана при Пенсильванском университете , изменила все это и на этой неделе опубликовала свои результаты в Cancer Cell . Группа под руководством Линь Чжана, доктора медицины , доцента акушерства и гинекологии Гарри Филдса, и Чи В. Данг, доктора медицины, доктора философии , директора онкологического центра Абрамсона, более полно исследовала эти последовательности РНК, чтобы идентифицировать небелковые коды. сегменты, экспрессия которых связана с 13 различными типами рака. Чжан впервые применил этот подход в 2014 году для определения целей для рака яичников . Оба исследования поддерживаются Basser Center for BRCA. в Пенсильвании.

«Поскольку некодирующие последовательности РНК составляют почти три четверти генома человека, существует большая потребность в характеристике геномных, эпигенетических и других изменений длинных некодирующих сегментов», — сказал Чжан. «Настоящее исследование заполняет этот значительный пробел в исследованиях рака».

Команда проанализировала днРНК на транскрипционном, геномном и эпигенетическом уровнях в более чем 5000 образцах опухолей различных типов рака, полученных из Атласа генома рака (TCGA), и в 935 линиях раковых клеток из Энциклопедии линий раковых клеток (CCLE). Они обнаружили, что изменения днРНК в большей степени специфичны для опухоли и клеточной линии по сравнению с генами, кодирующими белок. Кроме того, изменения lncRNA часто связаны с изменениями эпигенетических модификаторов, которые действуют непосредственно на экспрессию генов.

«Мы считаем, что результаты этого многомерного анализа предоставляют исследователям богатый ресурс для изучения нарушения регуляции днРНК и выявления днРНК с диагностическим и терапевтическим потенциалом», — сказал Чжан.

Команда также разработала две платформы на основе биоинформатики для выявления связанных с раком днРНК и изучения их биологических функций. Одна из них — это база данных с возможностью поиска, которая включает клиническую информацию о молекулярных изменениях днРНК для создания «коротких списков» днРНК-кандидатов для изучения. «Данные молекулярного профилирования, которые мы использовали для этого, связаны с аннотациями клинических данных и ответов на лекарства в TCGA из-за его высококачественных многоуровневых профилей образцов первичной опухоли человека и подробных клинических записей для широкого выбора образцов рака человека, а также с CCLE, лучшим доступным ресурсом для молекулярных профилей линий раковых клеток и подробностей об их реакции на лекарства », — пояснил Чжан.

Второй разработанный ими подход — предсказание биологической функции днРНК — успешно идентифицировал новую онкогенную днРНК, названную BCAL8. Они обнаружили, что чрезмерная экспрессия BCAL8 способствует клеточному циклу, который контролирует деление клеток. Эта часть исследования предоставила не только доказательство концепции их стратегии поиска lncRNA, но и настраиваемую базу данных для других исследователей, чтобы искать интересующие lncRNA и исследовать их функцию. Эта база данных называется Cancer LncRNome Atlas и находится в ведении Онкологического центра Абрамсона в Пенсильвании.

«Наше исследование предоставляет убедительные доказательства того, что нарушение регуляции днРНК происходит на нескольких уровнях в геноме рака, и что эти изменения поразительно специфичны для конкретного типа рака», — заключает Чжан. «Мы заложили важнейшую основу для разработки инструментов на основе днРНК для диагностики и лечения рака новыми способами. Мы ожидаем, что благодаря нашей работе будут сделаны дополнительные важные открытия lncRNA. ”




Добавить в избранное Версия для печати
Поделитесь:
Автор: admin
Опубликовано: 28.01.2021

Adblock
detector
  X