Ученые Пенсильванского университета установили, что 90% вирусов на коже представляют вирусную «темную материю»
Добавить в закладки
Статьи

Ученые Пенсильванского университета установили, что 90% вирусов на коже представляют вирусную «темную материю»

За последние годы ученые добились большого прогресса в характеристике бактериальной популяции, которая обычно живет на коже человека и способствует здоровью и болезням. Теперь исследователи из Медицинской школы Перельмана при Пенсильванском университете использовали самые современные методы для изучения вирусной популяции кожи, или «вирома». Исследование, опубликованное в онлайн-журнале mBio в прошлом месяце, показывает, что большинство ДНК-вирусов на здоровой коже человека представляют собой вирусную «темную материю», которая никогда не описывалась ранее. Исследование также включает разработку набора инструментов анализа вирома, которые теперь доступны исследователям для дальнейших исследований.

Ссылки по теме
Медицинский факультет Перельмана при Пенсильванском университете

Система здравоохранения Пенсильванского университета

Исследователи и общественность все больше осознают, что микробы, живущие внутри нас и внутри нас — наши «микробиомы» — могут иметь решающее значение для поддержания хорошего здоровья или вызывать болезни. Бактерии, обитающие на коже, не исключение. В идеале они помогают предотвратить вредные инфекции и поддерживают надлежащий кожный иммунитет и заживление ран, но при определенных обстоятельствах они могут делать наоборот.

«Возникла реальная потребность в лучшем понимании этих вирусов, учитывая их потенциальное воздействие на клетки нашей кожи, а также на наши резидентные бактерии», — сказала старший автор Элизабет А. Грайс, доктор философии., доцент дерматологии Penn Medicine. «До сих пор в этой области было проделано относительно мало работы, отчасти из-за технических проблем. Например, мазок с кожи, взятый для анализа, будет содержать в основном человеческую и бактериальную ДНК и лишь небольшое количество вирусного генетического материала — пресловутые иголки в стоге сена ».

Предыдущие попытки картирования использовали базы данных известных вирусных генов, чтобы распознать часть этого вирусного генетического материала среди всех бактерий и ДНК человека. Но такой подход имеет тенденцию упускать из виду многие вирусы, еще не внесенные в каталоги баз данных. Используя оптимизированные методы выделения вирусоподобных частиц (VLP) из мазков с кожи и анализа очень небольшого количества генетического материала, исследовательская группа смогла сосредоточить свое секвенирование и анализ на вирусной ДНК, не полагаясь полностью на базы данных.

Их анализ образцов от 16 здоровых людей показал некоторые ожидаемые результаты. Самым распространенным вирусом, поражающим клетки кожи, был вирус папилломы человека, вызывающий обычные бородавки и связанный с раком кожи. Однако большая часть обнаруженной ДНК из VLP не соответствовала вирусным генам в существующих базах данных. «Более 90 процентов составляла то, что мы называем вирусной темной материей — она ​​имела особенности вирусного генетического материала, но не имела таксономической классификации», — сказал Грайс. Это стало неожиданностью, хотя, конечно, подчеркнуло важность картирования этой неизведанной территории.

Результаты также четко связали виром кожи с микробиомом кожи: большая часть обнаруженной вирусной ДНК, по-видимому, принадлежала фаговым вирусам, которые инфицируют бактерии и часто остаются в них на длительное время. И когда Грайс и его коллеги секвенировали бактериальную ДНК кожи у тех же 16 субъектов, они обнаружили, что она часто содержала контрольные метки — так называемые спейсеры CRISPR — предшествующего вторжения тех же фаговых вирусов.

Хотя результаты показывают, что большинство наших обычных вирусов, обитающих в коже, на самом деле обитают в наших кожных бактериях, такие вирусы все же могут влиять на наше здоровье через свое влияние на микробиом. Исследователи из Пенсильвании обнаружили в фаговой ДНК генов доказательства, которые могут сделать бактерии-хозяева более устойчивыми, например, к антибиотикам или с большей вероятностью вызвать опасную инфекцию.




Добавить в избранное Версия для печати
Поделитесь:
Автор: admin
Опубликовано: 28.01.2021

Adblock
detector
  X